К югу от монастыря находилось на холме большое монастырское кладбище с церковью Онуфрия Великого. Во времена СЛОНа в конце 1920-х годов кладбище было уничтожено, надгробные плиты использовали для строительства. Некоторые спасенные плиты сейчас можно увидеть в монастырском некрополе Спасо-Преображенского собора. На вершине кладбищенского холма в 1938 году был построен госпиталь. В настоящее время в здании госпиталя находится больница и аптека, а на первом этаже – администрация Соловецкого района. Монастырь старается возродить кладбище, уже появились три первых захоронения с крестами и возвращены три надгробных плиты.